El método del Bujinkan se llama Bujinkan Budō Taijutsu y es una colección de nueve linajes marciales antiguos, conocidos como ryūha. Anteriormente se llamó Bujinkan Ninpô Taijutsu, pero es conocido también con el nombre genérico de Ninjutsu (técnicas y tácticas utilizadas por los Ninja). Tres de las nueve escuelas que componen la Bujinkan son de Ninjutsu. Las otras seis son de Bujutsu ("Arte de guerra") que comprenden Artes marciales tradicionales del Japón, practicadas antiguamente por los Samurai.
